Падение Флорентийской Республики ознаменовало собой самый тревожный период в жизни Микеланджело. Несмотря на свои твердые республиканские убеждения, Микеланджело не выдержал тревоги перед наступающими событиями: он бежал в Феррару и Венецию (1529), хотел укрыться во Франции. Флоренция объявила его бунтовщиком и дезертирам, но затем простила и предложила вернуться. Скрываясь и переживая огромные мучения, он стал свидетелем падения родного города и лишь позднее робко обратился к папе, который в 1534 году поручил ему закончить роспись Сикстинской капеллы. Речь идет об огромной фреске на алтарной стене.
В 1534 году Микеланджело вернулся в Рим и через два года приступил к созданию своего знаменитого произведения - картины "Страшного суда", законченной им в 1541 году.
Окончив "Страшный суд", Микеланджело достиг вершины славы среди современников. Он забывал обнажить голову перед папой, и папа, по его собственным словам, не замечал этого. Папы и короли сажали его рядом с собой.
В последние годы Микеланджело развивает интенсивнейшую архитектурную деятельность. Он занимается проектом центрального плана церкви Сан-Джованни деи Фьорентини, которая должна была стать памятником его "флорентийской родины" и соперничать с другой стороны Тибра с собором Святого Петра и замком Святого Ангела. Он набрасывает план Капеллы Сфорца в церкви Санта-мария Маджоре, строит Порта Пиа, придает перспективно-монументальный вид площади Капитолия - этому идеальному центру священного города, берет на себя и по-новому решает вопрос о перестройке собора Святого Петра. Последние два - его основные предприятия в области архитектуры - в значительной мере затрагивают вопросы градостроительства, нового и глубокого истолкования историко-религиозного значения Рима.
Возвышаясь над развалинами древнеримского форума и соседствуя со средневековой церковью Санта-Мария дельи Арачели, капитолийская площадь построена по принципу обратной перспективы, предопределенному тем, что оси боковых палаццо несколько расходятся в стороны. Палаццо же, занимающее третью сторону, получает таким образом обрамление, которое как бы выдвигает его вперед и подчеркивает заполненность пространства, остающегося открытым со стороны входа, обрамленного низкой линией балюстрады, прерываемой в центре лестницей. Неизбежно напрашивается сравнение с библиотекой Лауренциана - перспективно построенным пространством, пластически формируемым его боковыми стенами. Здесь эту роль играют фасады Палаццо деи Консерватори и здания Капитолийских музеев - этих двух мощных тектонических каркасов, в основу структуры которых положен единый ярус пилястр и два горизонтальных карниза. Внизу располагаются глубокая колонная галерея, отделенная от верхнего яруса архитравом, наверху - выступающие вперед обрамления окон. Так достигается контраст между напором, идущим изнутри и обеспечивающим своего рода "сцепление" между массой здания и пространством площади, и постоянным "прорывом" этого пространства внутрь фасада. Художник достигает единства пространства и тектоники благодаря выразительной пластической проработке фасадов и концентрическим узорам разноцветных плит травертина на площади, в центре которой Микеланджело установил античную статую Марка Аврелия.
Работая над строительством собора Святого Петра, Микеланджело обращается к центрической композиции, разработанной Браманте, но стремится к соединению всех частей здания в единый пластический организм, в котором архитектоническая масса как бы дематериализуется и завершается огромным куполом, который собирает воедино и завершает все здание. Какое значение имело для художника это последнее колоссальное предприятие, видно .из его писем: он постоянно опасается неудачи, а не закончить здание ему представляется постыдным и унизительным.
Микеланджело стремится создать такой купол, чтобы под ним могли Укрыться все христианские народы. Возносимый кверху боковыми апсидами, как бы "столпившимися" вокруг него, купол покоится на барабане с большими окнами, обрамленными спаренными, сильно выступающими вперед колоннами. Над барабаном возвышается купол, который служит одновременно выражением тяжести массы и вместе с тем ее одухотворенности, порыва вверх, подчеркиваемого ребрами.
Творческое вдохновение Микеланджело максимально выразилось в создании купола. Это катарсис драмы никогда не доведенного до конца творения - гробницы Юлия II. Он возносится ввысь в том самом месте, где захоронен, по преданию, апостол Петр. Это идеальный центр самого здания, символический памятник вселенской идее христианства. От массы фигур, старавшихся освободиться от гнетущего груза материи, остался лишь порыв в заоблачные дали: за "прологом на земле" в виде апостольской гробницы следует "эпилог на небесах" в виде купола.
В жизни Микеланджело не знал нежной ласки и участия, и это отразилось на его характере. Был момент в юности, когда он грезил о личном счастье и изливал свое стремление в сонетах, но скоро он сжился с мыслью, что оно ему не суждено. Тогда великий художник весь ушел в идеальный мир, в искусство, которое стало его единственной возлюбленной. "Искусство ревниво, - говорит он, - и требует всего человека". "Я имею супругу, которой весь принадлежу, и мои дети - это мои произведения". Большим умом и врожденным тактом должна была обладать та женщина, которая бы поняла Микеланджело.
Он встретил такую женщину, но слишком поздно. Ему было тогда уже шестьдесят лет. Это была Виттория Колонна. Она происходила из старинного и могущественного римского рода. Виттория стала вдовой в тридцать пять лет, когда горячо любимый ею муж маркиз Пескара умер от ран, полученных в битве при Павий. Целых десять лет до встречи с Микеланджело она оплакивала свою потерю, и плодом этих страданий явились стихотворения, создавшие ей славу поэтессы. Она глубоко интересовалась наукой, философией, вопросами религии, политики и общественной жизни. В ее салоне велись живые, интересные беседы о современных событиях, нравственных вопросах и задачах искусства. В ее доме встречали Микеланджело как царственного гостя. Он же, смущаясь оказываемым ему почетом, был прости скромен, терял всю свою кажущуюся надменность и охотно беседовал с гостями о разных предметах. Только здесь проявлял художник свободно свой ум и знания в литературе и искусстве.
Любовь его к Виттории была чисто платонической, тем более что и она, в сущности, питала к нему глубокую дружбу, уважение и симпатию, исчерпав в любви к покойному супругу весь пыл женской страсти.
Дружба Виттории Колонны наполнила сердце Микеланджело лучезарным сиянием. С юношеской свежестью выражал он в это время свои чувства в сонетах. В поэзии он не достигает той высоты, как в других искусствах, но все же правы были те, кто назвал его "человеком о четырех душах".
Дружба Виттории Колонны смягчила его сердце, смягчила и тяжелые утраты - сперва потерю отца, потом братьев, из которых остался один Лионард, с ним Микеланджело поддерживал сердечную связь до своей кончины. Во всех поступках и словах, всегда однородных, последовательных, ясных, в Микеланджело виден строгий мыслитель и человек чести и справедливости, как и в его произведениях.
Умирая, Микеланджело оставил краткое завещание; как и в жизни, он не любил многословия. "Я отдаю душу Богу, тело земле, имущество родным", - продиктовал он друзьям.
Микеланджело умер 18 февраля 1564 года. Тело его погребено в церкви Санта-Кроче во Флоренции.