У Булгакова и Мастера одна общая трагедия - трагедия непризнания. В романе четко звучит мотив ответственности и вины творческой личности, которая идет на компромисс с обществом и властью, уходит от проблемы морального выбора, искусственно изолирует себя, чтобы получить возможность реализовать свой творческий потенциал. Устами Иешуа Мастер упрекает современников в трусливом малодушии при защите своего человеческого достоинства под напором диктатуры и бюрократии. Но в отличие от Булгакова Мастер не борется за свое признание, он остается самим собой — воплощением «безмерной силы и безмерной, беззащитной слабости творчества».

У Мастера, как и у Булгакова, наступает заболевание: «А затем наступила ... стадия страха. Нет, не страха этих статей…, а страха перед другими, совершенно не относящимися к ним или к роману вещами. Так, например, я стал бояться темноты. Словом, наступила стадия психического заболевания».

К несомненным автобиографическим ассоциациям относятся и листы сожженного романа.
Большая любовь, озарившая жизнь М. Булгакова, также нашла отражение в романе. Наверное, будет неправильным отождествлять образы Мастера и Маргариты с именами создателя романа и Елены Сергеевны: многие автобиографические черты писателя и его жены присутствуют в произведении. Прежде всего, хотелось бы отметить уход Маргариты (как и Елены Сергеевны) от обеспеченного, благополучного мужа. Булгаков считает Маргариту верной спутницей Мастера. Она не просто разделяет его трудную судьбу, но и дополняет собой его романтический образ. Любовь является к Мастеру как неожиданный дар судьбы, спасение от холодного одиночества. «По Тверской шли тысячи людей, но я вам ручаюсь, что увидела она меня одного и поглядела не то что тревожно, а даже как будто болезненно. И меня поразила не столько ее красота, сколько необыкновенное, никем не виданное одиночество в ее глазах!» - рассказывает Мастер. И далее: «Она поглядела на меня удивленно, а я вдруг, и совершенно неожиданно, понял, что я всю жизнь любил именно эту женщину!». «Любовь выскочила перед нами, как из-под земли выскакивает убийца в переулке, и поразила нас сразу обоих! Так поражает молния, так поражает финский нож!».

Явившаяся как внезапное озарение, мгновенно вспыхнувшая любовь героев оказывается долговечной. В ней, мало помалу, открывается вся полнота чувства: тут и нежная влюбленность, и жаркая страсть, и необыкновенно высокая духовная связь двух людей. Мастер и Маргарита присутствуют в романе в неразрывном единстве. Когда Мастер рассказывает Ивану историю своей жизни, все его повествование пронизано воспоминаниями о любимой.

В русской и мировой литературе традиционен мотив покоя как одной из высших ценностей человеческого существования. Достаточно вспомнить, например, пушкинскую формулу «покой и воля». Поэту они необходимы для обретения гармонии. Имеется в виду не внешний покой, а творческий. Такой творческий покой и должен обрести Мастер в последнем приюте.

Покой для Мастера и Маргариты - очищение. А очистившись, они могут прийти в мир вечного света, в царство Божие, в бессмертие. Покой просто необходим таким настрадавшимся, неприкаянным и уставшим от жизни людям, какими были Мастер и Маргарита: «...О трижды романтический мастер, неужели вы не хотите днем гулять со своей подругой под вишнями, которые начинают зацветать, а вечером слушать музыку Шуберта? Неужели же вам не будет приятно писать при свечах гусиным пером? Туда, туда! Там ждет уже вас дом и старый слуга, свечи уже горят, а скоро они потухнут, потому что вы немедленно встретите рассвет. По этой дороге, мастер, по этой», — говорит Воланд герою.