Так, в романе происходит взаимодействие трех миров: человеческого (все люди в романе), библейского (библейские персонажи) и космического (Воланд и его свита). Сравним: по теории «трех миров» Сковороды, самый главный мир – космический, Вселенная, всеобъемлющий макрокосм. Два других мира – частные. Один из них – человеческий, микрокосм; другой – символический, т.е. мир библейский. Каждый из трех миров имеет две «натуры»: видимую и невидимую. Все три мира сотканы из добра и зла, и мир библейский выступает у Сковороды как бы в роли связующего звена между видимыми и невидимыми натурами макрокосма и микрокосма. У человека имеются два тела и два сердца: тленное и вечное, земное и духовное, и это означает, что человек есть «внешний» и «внутренний». И последний никогда не погибает: умирая, он только лишается своего земного тела.

В романе «Мастер и Маргарита» двойственность выражается в диалектическом взаимодействии и борьбы добра и зла (это является главной проблемой романа). По тому же Сковороде, добро не может существовать без зла, люди просто не будут знать, что это добро. Как сказал Воланд Левию Матвею: «Что бы делало твое добро, если бы не существовало зла, и как бы выглядела земля, если бы с нее исчезли все тени?». Должно быть некое равновесие между добром и злом, которое в Москве было нарушено: чаша весов резко склонилась в сторону последнего и Воланд пришел, как главный каратель, чтобы восстановить его.
Трехмирность «Мастера и Маргариты» можно соотнести и со взглядами известного русского религиозного философа, богослова и ученогоматематика П.А. Флоренского (18821937), который развивал мысль о том, что «троичность есть наиболее общая характеристика бытия», связывая ее с христианской троицей. Он также писал: «...Истина есть единая сущность о трех ипостасях…». У Булгакова действительно композиция романа складывается из трех пластов, которые в совокупности приводят нас к пониманию главной идеи романа: о нравственной ответственности человека за свои поступки, о том, что стремиться к истине должны все люди во все времена. И, наконец, последние исследования творчества Булгакова наводят многих ученых, литературоведов на мысль, что на философскую концепцию романа повлияли взгляды австрийского психиатра Зигмунда Фрейда, его работа «Я и ОНО» о выделении Я, ОНО и Яидеала в человеке. Композицию романа образуют три причудливо сплетенных между собой сюжетных линии, в каждой из которых своеобразно преломились элементы фрейдовского представления о человеческой психике: в библейских главах романа повествуется о жизни и смерти Иешуа Га Ноцри, олицетворяющего Яидеал (стремится к добру, истине и говорит только правду), в московских главах показаны похождения ОНО – Воланда и его свиты, обличающей людские низкие страсти, пошлую похоть, вожделение.

Кто же олицетворяет Я? Трагедия Мастера, названного автором героем, заключается в потере своего Я. «Я теперь никто… у меня нет никаких мечтаний и вдохновения тоже нет… меня сломали, мне скучно, и я хочу в подвал», говорит он. Как истинно трагический герой, Мастер виноват и не виноват. Вступив посредством Маргариты в сделку с нечистой силой, «он не заслужил света, он заслужил покой», желанное равновесие между ОНО и Яидеалом. Чтобы окончательно разобраться в проблемах и идее романа, нужно рассмотреть подробнее действующих лиц, их роль в произведении и прототипы в истории, литературе или жизни автора.