Среди художественных произведений, написанных Чернышевским после романа «Что делать?», наиболее значительное место занимает роман «Пролог» (1865—1868), состоящий из двух частей: «Пролог пролога» и «Дневник Левицкого». В этом произведении писатель снова обращается к событиям времен первой революционной ситуации. Название романа приобретает символический характер: речь явно идет о прологе решающих революционных событий. Конфликт строится на прямом столкновении революционеров-демократов с крепостниками и либералами в период подготовки крестьянской реформы. В. И. Ленин писал о гениальности Чернышевского, сумевшего в эпоху «самого совершения крестьянской реформы» «понимать с такой ясностью ее основной буржуазный характер…».

Главным героем романа является революционер Волгин, талантливый организатор и опытный конспиратор. Он окружен друзьями, единомышленниками, среди которых особенно выделяется юноша Левицкий (прототипом его был Добролюбов). С большим художественным мастерством нарисован в романе лагерь либералов и реакционеров, одинаково враждебных народу. Волгин далеко не всегда одерживает победы в борьбе с политическими противниками. Чернышевский не мог не учитывать опыт поражения революционной ситуации в стране. И в адрес народа, смиренно покоряющегося окрику будочника (полицейского), Волгин произносит резкие слова о рабской психологии. Но, как подчеркивал Ленин, это были слова настоящей любви к родине, любви, тоскующей «вследствие отсутствия революционности в массах великорусского населения…».

В годы сибирской каторги и ссылки Чернышевский написал еще ряд художественных произведений («История одной девушки», «Отблески сияния» и др.), не все из которых сохранились или дошли до нас в полном виде.