Родился в семье талантливого инженера-строителя Франческо Золя. Рано потерял отца (1847). Детские и юношеские годы провел в Экси. С 1852 г. учился в колледже. После смерти отца из-за материальных проблем семья в 1858 г. переехала в Париж, где Золя продолжил образование в лицее. В 1862 г. Золя начал работать в бюро одного из наибольших издательств Ашетт.

Работа в издательстве дала возможность Золя ознакомиться с литературной жизнью Парижа. Смолоду Золя зачитывался романтиками, его кумирами были А. де Мюссе и В. Гюго. В 1864 г. Золя собрал написанные им в разное время рассказы и новеллы романтического характера и опубликовал их под названием «Сказки для Нинон» («Contes a Ninon»). В новеллах этого сборника романтическая высокопарность объединяется с мастерством реалистической детали.

В романе «Исповедь Клода» («La confession de Claude», 1865) еще довольно ощутим романтический элемент, тем не менее заметна полемика с романтизмом. Золя правдиво описывает трудную, беспросветную жизнь юноши. До определенной меры этот роман является автобиографическим произведением. Роман «Марсельские тайны» («Les mysteres de Marseille», 1867) продемонстрировал мастерство Золя-Фельетониста, его интерес к социальным проблемам. Уже на раннем этапе творчества Золя выступал не только как писатель-романист, а и как публицист и критик. Он сотрудничал с газетами «Эвенман», «Фигаро», в которых публиковал свои статьи и этюды.

В этот период Золя в литературно-критических и искусствоведческих книгах «Что я ненавижу» («Mes haines», 1866), «Мой салон» («Моп salon», 1866), «Эдуард Мане» («Edouard Manet», 1867) разработал основные основы натуралистической эстетики. В этих работах Золя декларирует принцип объективности и правдивости искусства, требует от художественного произведения документальной точности, а от художника - скрупулезного наблюдения и изучения действительности. Золя признает детерминирующую роль среды и наследственности для личности.

В статье «Прудон и Курбе» (1864) Золя излагает формулу искусства: «Произведение искусства - это уголок природы, увиденный через темперамент художника». Со временем Золя неоднократно будет обращаться к проблеме соотношения объективного (природы) и субъективного (темперамента художника) факторов творчества. Для Золя нет разногласия между верностью натуре и проявлением творческой индивидуальности. Ему были близки творческие поиски художников-импрессионистов, которых он поддерживал и пропагандировал. По мнению Золя, Э. Мане - художник, который научился «смотреть природе в лицо и видеть ее такой, какой она есть». Итоговым произведением молодого Золя стал роман «Тереза Ракен» («Therese Raquin», 1867) - ярчайший образец «физиологического романа», романа-эксперимента.

Произведение написано под влиянием «Жермини Ласерте» братьев Гонкуров. Так же, как Гонкуры в своем романе хотели применить «клинический анализ любви», Золя в «Терезе Ракен», по его собственному признанию, хотел дать «клинический анализ укоров совести». В центре романа - «любовный треугольник». Традиционность сюжетной схемы подчеркивает нетрадиционность трактования выбранной темы. Поведение главной героини мотивируется ее темпераментом: в ее жилах течет горячая африканская кровь, ведь она по происхождению креолка.

Тем не менее, имея страстный и чувствительный характер, Тереза вынуждена приглушать свою страсть, выйдя замуж за слабодушного и немилого ей Камиля. Встреча с Лораном и взрыв грубой чувственной страсти определяют судьбу Терезы. Стремясь побороть препятствия на пути своей страсти, Тереза и Лоран убивают Камила. Но, страдая от укоров совести и страха, в финале романа они совершают самоубийство. Золя сам четко осознал определенную нетипичность своих героев. Тереза и Лоран - натуры, наделенные исключительными темпераментами. «Тереза и Лоран - два человеческих зверских организма. Я старался шаг за шагом в этих людях-животных описать работу страстей. Любовь моих героев - удовлетворение физиологической потребности.

Душа здесь полно отсутствует, именно к этому я и стремился», - писал Золя в предисловии к роману. Таким образом, писатель достигает чистоты эксперимента, избегая психологической мотивации поведения героев. Золя понимал, что сделал попытку «исследования случая слишком исключительного». В романе «Мадлен Фера» («Madeleine Ferat», 1868) концепция личности остается без важных перемен. Но герои этого второго натуралистического физиологического романа Золя наделены более утонченной духовной организацией, чем герои «Терезы Ракен».

Это усложняет эксперимент, но ничего не изменяет в его результатах: биологический фатум оказывается непреодолимым, и герои терпят поражение. Стилистика обоих ранних натуралистических романов включала в себя то разногласие между фактографической точностью, скрупулезным описанием, с одной стороны, и высокой эмоциональностью, с другой, которая станет приметной чертой «Ругон-Макара», главного произведения Золя, который сделал его всемирно известным. Замысел «Ругон-Макара, естественной и социальной истории одной семьи в эпоху Второй империи» («Les Rougon-Macquart, histoire naturelle et sociale d\'une famille sous le Second Empire», 1871-1893) сформировался в конце 1868 года.