Наказание для Раскольникова наступает не после преступления, а значительно раньше. Оно началось с момента зарождения «безобразной мечты» и состояло в постоянной нравственной тревоге, в мучениях совести. Неспособность Раскольникова вынести преступление — самое главное для Достоевского доказательство ложности его теории. Терпят крушение логические построения героя романа, его рационализм. Как писал Г. А. Вялый, теория господствует над Раскольниковым, «подчиняет его себе, становится его страстью, второй натурой, но именно второй; натура первая, первичная ей не подчиняется, вступает с ней в борьбу, и ареной этой борьбы становится психология человека».
В конечном счете Раскольников ощущает свою вину не перед законом, а перед собственной совестью, перед убитой им Лизаветой, перед Сонечкой, матерью, Дуней, перед теми, кто видел, как опустился он на колени «среди площади, поклонился до земли и поцеловал эту грязную землю с наслаждением и счастьем».
Но как же тяжело дается Раскольникову нравственная кара! Роман состоит из шести частей. О преступлении речь идет только в первой части, а остальные пять посвящены проблеме наказания. Следовательно, почти весь роман написан для того, чтобы как можно подробнее, углубленнее исследовать тайны души человека, осмелившегося пролить кровь, и теперь в тяжких страданиях и муках (нравственных, не физических) расплачивающегося за великий грех перед людьми и Богом.
Не следует думать, что Раскольников сразу понимает и принимает крах своей теории. Да, он не смог вынести преступления, но ему долгое время представлялось, что это всего лишь доказательство его личной слабости, а вовсе не самой по себе теории, которая не вызывает у Раскольникова никаких сомнений. И даже на каторге он по-прежнему убежден в своей правоте: «...он строго судил себя, и ожесточенная совесть его не нашла никакой особенно ужасной вины в его прошедшем, кроме разве простого промаха, который со всяким мог случиться».
Раскольников все еще терзается мыслью не о своем преступлении, а о том, что не вынес его. Настоящие властители, Наполеоны, «вынесли свои шаги и потому они правы, а я не вынес и, стало быть, я не имел права разрешить себе этот шаг».
И только Соня Мармеладова, вечная Сонечка смогла спасти его, спасти его душу. «Их воскресила любовь, сердце одного заключало бесконечный источник жизни для сердца другого». Только теперь, лишь в самом конце романа, воскресает Раскольников: «Он знал это, чувствовал всем обновленным существом своим...»
Правда, впереди много испытаний, за новую жизнь надо еще заплатить великим, будущим подвигом. Но об истории постепенного обновления человека, перерождения его, Достоевский писать не стал, потому что, объяснял он, заканчивая роман, «это могло бы составить тему нового рассказа».
На самой последней странице «Преступления и наказания» о Раскольникове было сказано: «...он ничего бы и не разрешил теперь сознательно; он только чувствовал. Вместо диалектики наступила жизнь...» Последняя фраза выделена потому что считаем ее чрезвычайно важной. Это, собственно, главный урок, который вынес Раскольников, итог его внутренних терзаний, сомнений, борьбы с самим собою. Арифметика, логика, отвлеченные доводы рассудка. Достоевский приводит своего героя к иным ценностям. Побеждает человеческая натура, побеждает жизнь.